Cuando Masumi Sera atosiga a Ai Haibara, Subaru Okiya interviene. Mientras tanto, Conan descubre la identidad de Mary, la ´hermana pequeña fuera del dominio´. Shukichi Haneda se ve envuelto por casualidad en un caso de asesinato cuando asiste a un seminario de shogi. Tras varias peripecias, Shuichi Akai hace acto de presencia. Y, por si fuera poco, un ardid de Momiji Ooka enfrenta a Conan y Heiji en un duelo deductivo en torno a un código ideado por un ama de llaves.